Łyna od wieków pełniła ważną rolę w dziejach regionu, wpływając na osadnictwo, gospodarkę i militarne losy Warmii i Prus. W okresie średniowiecza nad jej brzegami wznoszono liczne zamki obronne, takie jak:
Zamek Kapituły Warmińskiej w Olsztynie – zbudowany w XIV wieku, strzegł szlaku handlowego z Warszawy do Królewca.
Zamek w Lidzbarku Warmińskim – dawna siedziba biskupów warmińskich, jeden z najcenniejszych zabytków architektury gotyckiej w Polsce.
Rzeka służyła również jako szlak transportowy – spławiano nią drewno, zboże i inne towary w kierunku Bałtyku. Łyna stała się ważnym elementem rozwoju przemysłowego regionu. Wykorzystywano jej wodę do napędzania młynów, tartaków i małych elektrowni wodnych. W miejscowości Łyński Młyn (niedaleko źródeł rzeki) znajduje się młyn wodny. W późniejszych czasach (XVIII wiek) wybudowano wiele żelbetowych elektrowni wodnych (m.in. Olsztyn, Brąswałd)